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Excluír categorías

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    if ( $query->is_home ) {
        $query->set( 'tax_query', array(
            'relation' => 'OR',
            array(
                'post_type' =>'proyectos',
                'taxonomy' => 'category',
                'field' =>  'ID',
                'terms' => 3
            ),
            array(
                'taxonomy' => 'post_tag',
                'field' => 'slug',
                'terms' => 'urgent'
            )
        ));
    }
    return $query;
}
add_filter('pre_get_posts', 'exclude_category');

Mostrar sólo los custom post type indicados

function searchfilter($query) {
 
    if ($query->is_search && !is_admin() ) {
        $query->set('post_type',array('post','page', 'product'));
    }
    return $query;
}
 
add_filter('pre_get_posts','searchfilter');