No podemos tener en la sesión de hibernate demasiados objetos porque nos quedaríamos sin memoria. en su lugar haremos un procesamiento por lotes, procesando los registros de 20 en 20 y liberando la sesión

hibernate.cfg.xml

<property name="hibernate.jdbc.batch_size">20</property>
<property name="hibernate.cache.use_second_level_cache">false</property>

Main.java

public class Main {
	public static void main(String[] args) {

		Session session = HibernateUtil.getSessionFactory().openSession();
		Transaction tx = session.beginTransaction();

		for (int i = 0; i < 100000; i++) {
			Libro l = new Libro();
			l.setTitulo("El Quijote " + i);

			session.save(l);
			if (i % 20 == 0) { // 20, same as the JDBC batch size
				// flush a batch of inserts and release memory:
				session.flush();
				session.clear();
			}
		}

		tx.commit();
		session.close();

	}
}

Documentación oficial:

https://docs.jboss.org/hibernate/orm/5.2/userguide/html_single/chapters/batch/Batching.html